隨著基藥制度向二、三級醫院進一步推進，出臺相應的基本藥物目錄也被推上了緊迫的議事日程。采訪人員從正在召開的全國“兩會”上獲悉，新版的基本藥物目錄已經在征求意見中。預計比現在的307種****基本藥物擴容一倍，包括約400種西藥和200種中藥。但是，基本藥物目錄修訂后如何與此前基層已執行的基本藥物制度銜接，如何保證這些藥物在大醫院的使用量，以及相應的補償問題等，都尚未明確。與此相關，圍繞基本藥物制度的爭議依舊綿延不絕。 
    早在2009年11月，衛生部藥政司基本藥物處處長謝曉余就曾在一個論壇上透露，縣級綜合醫院以上，公立醫療機構配備使用的基本藥物目錄在770種左右，其中化學藥和生物制藥約為580個，中成藥約為190個。接近決策層的專家告訴采訪人員，上述版本是根據WHO的有關建議，結合大醫院的實際用藥情況所做出的，“數量上和醫保甲類目錄大致相當”。 
    根據****的政策安排，調整后的基本藥物目錄將不再區分基層機構版本和大醫院版本，也比當初的設想要少一些--此次“兩會”期間，全國政協委員、衛生部部長陳竺透露，即將出臺的新版基本藥物目錄主要包括WHO推薦的400種西藥，另外配有200種中藥。 
    根據測算，2010年我國衛生總費用中的個人支出比例就已下降到35%左右，相當于韓國目前水平。這說明財政對醫療衛生的投入已相當可觀，而我國醫保的保障水平一直偏低，說明財政補助的效率很低，并沒有真正補到老百姓就醫上。把基本藥物推向大醫院，則財政需要投入的“零差率”補償資金就要加大。 
    ****基藥制度推出之際就提出，二、三級醫療機構基本藥物的使用要達到一定比例。據悉，衛生部正在研究三級醫療機構使用基本藥物的比例，從配備品種和銷售金額兩方面給予規定。其標準相當程度上參照了安徽省的做法，比如二、三級綜合醫院使用基本藥物的數量，須分別占整個****基本藥物目錄品種數量的95%以上和80%以上。 
    這樣一來，基本藥物在基層和在大醫院的使用中，同時具有“天花板”和“地板”兩種性質。本來只是作為**基本用藥保障的基本藥物制度，卻被不恰當地賦予了控制醫療費用增長的重任，完全背離了制度初衷。另一方面，在現有扭曲的補償機制下，公立醫院傾向于用高價藥早已是不爭的事實，強行規定基本藥物使用比例，可能誘使大醫院開出更多“大處方”，以做大基數的方式來達標，且這一招往往不易監管。